Während des Zweiten Weltkriegs wurde 1939 auf dem Gelände der heutigen Bereitschaftspolizei von der Wehrmacht ein Kriegsgefangenenlager namens „Lager Lindele“ eingerichtet. Bis zum September 1942 waren dort sowjetische Kriegsgefangene untergebracht, von denen 146 ums Leben kamen. Ab September 1942 wurden Bewohner der Kanalinseln Guernsey und Jersey nach Deutschland deportiert, ein Teil von ihnen wurde auch in Biberach interniert. 1944/1945 kamen noch einige Hundert orientalische Juden hinzu, die zum Teil aus dem KZ Bergen-Belsen nach Biberach deportiert wurden; auch hier gab es viele Tote zu beklagen. Während des Krieges kam es mehrmals zu Luftangriffen auf Biberach. Beim ersten Angriff am 24. Juli 1944 wurde ein D-Zug aus Berlin von Tieffliegern angegriffen; ein Mensch kam dabei ums Leben. Bei einem zweiten Angriff Anfang April 1945 wurde ein Lazarettzug beschossen. Hierbei gab es 13 Tote zu beklagen. Am 12. April erfolgte der schwerste Angriff auf Biberach: sieben französische Flugzeuge bombardierten das Gebiet um den Bahnhof, betroffen waren die Ulmer-Tor-Straße, Bahnhofstraße, Bürgerturmstraße und der Obstmarkt. 55 Menschen wurden getötet, 14 verletzt. 37 Gebäude wurden bei dem Angriff zerstört, 24 schwer beschädigt, 15 mittelschwer und etwa 100 leicht. In den Tagen nach diesem Angriff kam es zu einzelnen Tieffliegerangriffen, bei denen insgesamt sechs Menschen getötet wurden.